В том же 1902 иеромонах Кирилл был возведен в сан архимандрита и назначен начальником Урмийской Духовной Миссии в Персии.
Здесь архимандриту Кириллу пришлось столкнуться со многими трудностями. Православной Миссии к моменту его назначения исполнилось всего только четыре года. Существовали проблемы с властями, не хватало, конечно, и финансовых средств. Однако отец Кирилл с большим усердием взялся за налаживание духовной жизни Миссии, а также за устроение корпуса главного здания, дома для школы и служащих (строительство которых было завершено в 1905 году уже при новом начальнике Урмийской Миссии). Он сумел наладить переводческое и печатное дело при Миссии, организовать миссийскую школу, отстоять урмийские православные храмы от посягательств раскольников. Так кратко можно было бы описать урмийский период служения архим.Кирилла.
Но такая характеристика не способна дать даже приблизительное представление о том, сколь трудными и, одновременно, важными в жизни будущего святителя были эти два года его миссионерского служения, а потому постараемся представить более полное и подробное описание и предпошлем ему краткий экскурс в историю Урмийской Миссии.
В августе 1901 против начальника православной Урмийской Духовной Миссии в Персии архимандрита Феофилакта (Клементьева) была развернута широкая кампания по дискредитации его и всей Русской Миссии. Кампания была развернута по инициативе некоторых бывших несториан, несколькими годами прежде принявших Православие, но искавших в последнем не истины религиозной веры, а политических или материальных выгод, и потому, обманувшись в своих расчетах, решивших поднять вопрос о бывшем «несторианском» имуществе (храмах и школах) под лозунгом нового возвращения к «древней религии» — несторианству. Политиканов поддерживали инославные Миссии (англиканская, американская и католическая), не жалевшие средств и сил на дискредитацию православной Миссии, поскольку, после ошеломляющего массового перехода урмийских несториан в 1898 в Православие, ее влияние было весьма сильным. Поддержку оказывали и мусульманские власти, готовые, впрочем, поддержать любую силу, способную ослабить православное (а значит — русское) влияние. Между тем для значительной массы самих урмийских сирохалдеев (бывших несториан), в общем-то находившихся в удручающем нравственно-религиозном состоянии, очень часто вопрос об избрании конфессии был вопросом лишь большей или меньшей обеспеченности в случае принятия той или иной веры. Это облегчало действование инославных Миссий, не гнушавшихся подкупом, фальсификацией и публикацией клеветнических материалов для достижения главной своей цели — ослабления в Урмии позиций Православия.
На эту масштабную кампанию против Урмийской Миссии весьма болезненно отреагировало Министерство иностранных дел, преследовавшее свои интересы в Персии и вообще мало симпатизировавшее православным миссионерам в этом регионе. Достаточно сказать, что уже в 70-е годы XVIII века несторианский католикос желал стать союзником Грузии и России против Турции; в XIX веке, в результате победоносной войны России с Персией в 1827-1828, урмийские ассирийцы-несториане чуть было не переселились всем народом на отошедшие России земли будущей Эриванской губернии. Однако осуществить это смогли лишь немногие, они-то и присоединились к Православию.17 Только покровительство такого мощного и влиятельного христианского государства, как Россия, могло спасти ассирийцев (айсор) от физического истребления их мусульманами. В 30-е, 40-е, 50-е годы XIX века со стороны несториан делались многочисленные попытки через Российское посольство в Тегеране или Генеральное Консульство в Тавризе, через Наместника императора на Кавказе (в Тифлисе) или Святейший Синод добиться помощи влиятельного соседа путем осуществления религиозно-политического единения с Россией. Но этому препятствовало Министерство иностранных дел, пока, наконец, на Восток — по согласованию с авторитетными в «восточных делах» русскими иерархами: митр.Московским Филаретом (Дроздовым) и еп.Тамбовским Феофаном (Говоровым) — не был направлен архимандрит Софония (Сокольский).
Еп.Софония (Сокольский)
Еп.Туркестанский и Ташкентский Софония (Сокольский)
За две свои поездки 1861-1862 годов архим.Софония представил в Святейший Синод обстоятельный отчет, дополненный подписями епископов, духовенства и старейшин всей Урмийской области, а кроме того — патриарха и епископов турецких территорий. Из отчета следовало, что ассирийцы желали присоединиться к Православию. Но опять вмешались дипломатические соображения могущественного министерства, и несторианский вопрос был отложен. В течение следующих тридцати лет со стороны несториан предпринимались неоднократные попытки присоединиться к Православию. Некоторым удавалось при посещении России принимать Православие. В Тифлис и Петербург приезжал несторианский епископ Мар-Гавриил, желавший принять Православие и убитый курдами в 1896 на пути в Урмию. Но главным представителем движения за присоединение к Православию в самой Урмии в 90-е годы XIX века стал епископ Мар-Иона (он же — Мар-Ионан). После очередного коллективного обращения несторианского духовенства в Святейший Синод, в 1897 в Урмию были направлены два миссионера: настоятель Эриванского собора священник Виктор Синадский и приходской священник из православных ассирийских селений близ Эривани Симон Алаверанов. То ликование и те выражения надежды, с какими были встречены эти два священника в Урмии, заставили Святейший Синод решиться на более конкретные шаги. Указом Святейшего Синода от 17/21 марта 1898 за № 1017 (после согласования этого указа с Министерством иностранных дел, вынужденного уступить давлению Синода и русской общественности) было принято решение об удовлетворении прошения епископа Мар-Ионана и его паствы о воссоединении их с Православной Церковью.
А.В.Журавский. Во имя правды и достоинства Церкви. Жизнеописание и труды священномученика Кирилла Казанского // http://co6op.narod.ru/kiril/htm/k02.html